1953-cü ildə tikinti işləri müvəqqəti dayandırılır və yalnız 1960-cı ildə bərpa olunur. Bu da Bakı metropoliteninin istismara verilməsini xeyli gecikdirir.
 1966-cı ildə tərkibində hərəkət, hərəkət qatarları, yol və tunel qurğuları, sanitariya texnikası və elektromexanika, işarəvermə və rabitə, material-texniki təminat xidmətləri kimi 6 xidməti olan Bakı Metropoliteni Idarəsi yaradılır.
 1967-ci il noyabrın 6-da Bakı şəhərində metropolitenin 5 stansiyası və 9,2 km-lik yeraltı xətləri olan Ι növbəsi istismara verilir, həmin stansiyalardan 4-ü böyük dərinlikdə idi ki, bunlardan da birisi Qara şəhər adlanan ərazidə yerləşən "Xətai" stansiyası idi. Ilk qatarı maşinist Salman Ələkbərov və maşinist köməkçisi Akif Mirzəyev idarə edirdi. 1967-ci il noyabrın 25-dən metropolitenin daimi istismarı və qatarların müntəzəm hərəkəti başlandı.
 Stansiya və tunellərdən başqa böyük texniki tikililər kompleksi də istismara verildi: elektrik deposu, şaxta lülələri, yanaşma tunellərin, drenaj suatmaları ilə birlikdə ventilyasiya kompleksləri. Güclü ventilyatorlar və sanitariya-texnikası qurğuları, xidmət kompleksləri ilə birlikdə 12 eskalator lenti quraşdırıldı. Fəaliyyət göstərən mərəkəzi dispetçer məntəqəsi də işə salındı. Bu böyük və yüksək ixtisaslı layihəçilər, inşaatçılar və istismarçılar dəstəsinin qələbəsi idi, axı, Bakı şəhər metropoliteninin tikintisi çox mürəkkəb hidrogeoloji şəraitdə həyata keçirilmişdi və öz növbəsində gülli miqdarda xüsusi hazırlıq işləri həcminin yerinə yetirilməsini tələb etmişdi. Bakıda tunel qazmasının çox ağır hidrogeoloji şəraiti hamı tərəfindən təsdiq olunmuş bir reallıqdır və bütün aparıcı metrotikən mütəxəssislər qeyd edirdilər ki, bu kimi şəraitlə dünyanın digər şəhərlərində heç vaxt qarşılaşmamışlar. Axı, o zamanlar tunellərin dərinliyi qabaqcadan müəyyən olunurdu və onları sonradan təshih etmək üçün heç bir imkan qalmırdı. Buna görə də ən əlverişsiz sahələrdə tunellərin inşası zamanı kesson qazması, su səviyyəsinin azaldılması, yüksək məhsuldarlıqlı mexaniki alətlər və dağ-mədən avadanlıqları tətbiq olunmaqla qruntların süni möhkəmləndirilməsi kimi xüsusi qazma üsulları tətbiq edilirdi. Kesson üsulu ilə qazma yeni və ən mürəkkəb iş növü idi. Bakıda kessonda iş təcrübəsi olan qazmaçılar yox idi. Qısa müddət ərzində Bakıya müvafiq ixtisası olan onlarla təcrübəli qazmaçılar göndərildi. Bəzi sahələrin inşası zamanı qazmanın xüsusi sementləmə, silikatlama və kesson iş üsulları tətbiq olundu. "Elmlər Akademiyası-Inşaatçılar" stansiyaları arasındakı tunelin qazılması zamanı suyun gözlənilməz və çox güclü bir axınla tikinti obyektinə daxil olması hadisəsi baş verdi. Sonradan bütün işlər qəza sahəsində azotla dondurulma üsulunun tətbiqi ilə aparıldı.